Departament prowadzi m.in. sprawy:
1) strategii i programów w zakresie transportu morskiego i transportu wodnego śródlądowego,
2) komisji mieszanych ds. transportu morskiego i wodnego śródlądowego, zgodnie z zawartymi dwustronnymi i wielostronnymi umowami międzynarodowymi,
3) krajowej oraz wspólnotowej zintegrowanej polityki morskiej,
4) europejskich korytarzy transportowych - w zakresie transportu morskiego i transportu wodnego śródlądowego,
5) obsługi Rady ds. Promocji Żeglugi Śródlądowej.
6) wynikające z ustawy o portach i przystaniach morskich,
7) ustawy o Funduszu Żeglugi Śródlądowej i Funduszu Rezerwowym,
8) ustawy o żegludze śródlądowej ? z wyłączeniem spraw prowadzonych przez Departament Bezpieczeństwa Żeglugi,
9) wynikające z ustawy o obszarach morskich Rzeczypospolitej Polskiej i administracji morskiej ? w zakresie dotyczącym ustalania granic portów morskich,
